增值税发票由于可以抵扣税款，成为具有金钱符号的“香饽饽”。受技术条件限制，以前的增值税发票管理系统未能将增值税普通发票纳入，也不能对增值税专用发票的票面全部信息进行采集和管理，不法分子利用管理漏洞通过买卖真发票、填写假内容骗取抵扣税款。比如，有的加油站利用个人消费者不索取发票的机会，与其他企业或通过中介交易，对外开具铁矿石或其他货物发票抵扣税款，这样的不法行为仅靠税务人员人工核对堵漏很难发现。
　　为解决这个难题，税务总局于2014年6月开始开发增值税发票管理新系统，将包括增值税普通发票在内的所有增值税发票纳入管理范围，同时实现购销单位、货物品名等发票全要素信息自动实时采集、监控，形成所有发票的电子底账库，依托电子底账自动比对每一张申报抵扣的发票，增值税发票内容的真实性一览无余。
　　税务总局货物和劳务税司有关负责人介绍，为确保增值税发票本身的真实性，所有增值税纳税人都要利用自己唯一的纳税人识别号在系统注册，每一张增值税发票都只能从这个系统开出，系统里查不到的就是假发票。
　　2014年11月起，增值税发票管理新系统在上海、天津、山东、湖南4省市试运行，成效明显。2015年1月起在全国新增增值税纳税人中全面推行，截至2月底全国已推行了60.5万户。4月1日起，全国存量增值税纳税人也纳入系统，同时取消纳税人上门或网上抄报税，条件成熟后全面取消扫描认证，这将为纳税人带来全新的纳税体验。